1935年12月中共中央在瓦窑堡召开了政治局会议后，周恩来兼任中共中央东北军工作委员会书记。这时起，国共双方已经陆陆续续有一些谈判和接触，周恩来也指导了这项工作。后来，国民党同共产党发展到第二次合作，周恩来受中共中央委派，常驻国民党统治区从事这方面的工作和党的领导工作。这样，从1936年到1946年，同国民党代表协商谈判，就成为周恩来的主要工作。国外称他是一个伟大的谈判家。
1946年4月，周恩来在一个茶会上说过：“差不多十年了。我一直为团结商谈而奔走渝、延之间。谈判耗去了我现有生命的五分之一，我已经谈老了！……民主事业的进程是多么艰难啊！”
从他的内心说，在炮火连天的民族革命战争中，他是深愿到前方抗日的。这从他在悼念左权同志的文章中，看得很清楚。他写道，“遥望大河以北．请缨有愿；困处茎门之内，杀敌无缘。这虽因岗位有别．但髀肉复生的我，遥闻哀耗，究不能无动于衷”。他是多么希望亲上前线，挥师杀敌呀！
但是，党和革命事业需要他在后方，而且是在国民党地区，去从事艰难的前所未有的谈判工作。他服从组织的分派，在白色恐怖下进行了艰苦卓绝的斗争，在新的战线上取得了辉煌的成绩。
十年谈判生涯，可以从1936年4月9日晚同张学良的会谈说起。
4月9日下午，张学良在王以哲、刘鼎等陪同下从洛川飞抵肤施（延安）。他们来到天主教堂，在暮色苍茫中等候着。马蹄声里，周恩来和李克农到达了。会谈进行了一晚上，周恩来的高屋建瓴、深刻透辟的发言和周到恰切、解决实际问题的分析，使张学良感到解决了很多思想认识上的问题。张学良的爱国热忱，在联共抗日问题上的主张和积极态度，也使周恩来感到欣慰。谈的结果，张学良完全同意共产党停止内战、一致抗日的主张，同意组织国防政府和抗日联军，愿意参与酝酿这事。对于蒋介石，张学良认为蒋现在是在歧路上，有可能争取其抗战。要他本人目前反蒋还做不到，但是蒋介石如果投降日本，他会离开蒋介石。周恩来表示，关于朕蒋抗日的政策，中共中央已有考虑，愿意把张学良的意见带回去慎重研究。
“张学良得到周恩来同志这样明朗、切实的表示，就好像一块石头落了地。几个月来思想上不能解决的问题一下解决了，顿时表现非常高兴，并说：‘你们在外边逼，我们在里边劝，我们对蒋介石来个内外夹攻，一定可以把他扭转过来。’”
这次会谈，为中国共产党同张学良、杨虎城的合作打下了基础。
同年12月12日，发生了西安事变。
事变发生后，张学良立刻致电当时在保安的中共中央，希望听取中国共产党的意见。当晚，毛泽东、周恩来电复张学良，表示“恩来拟来西安与兄协商尔后大计”。
12月15日，周恩来偕罗瑞卿、杜理卿等18人启程，17日到达西安，傍晚就同张学良会谈。行前，中共中央交代的是去看一看，了解具体情况以便作出决断。会谈中，周恩来表示的态度是：要保证蒋介石的安全，可以声明如果南京挑起内战，则蒋介石的安全无保障。双方商定了同宋子文的谈判条件。6日，他电告中共中央说，南京亲日派的目的在造成内战，不在救蒋，蒋介石的态度开始时表示强硬，现在也转取调和以求恢复自由。接到周恩来的电报后，中共中央发出致国民党中央电，指出“武力的讨伐，适足以杜塞双方和解的余地”，呼吁停止内战，一致抗日。19日，中共中央召开政治局会议后发表通电，提出和平解决西安事变，团结全国，一致抗日。周恩来同张学良、杨虎城一起，迫使蒋介石接受了“停止内战，一致抗日”的主张，促使团结抗日的局面在中国出现。事变中，蒋介石的诺言是：“决不打内战了，我一定要抗日。”
“西安事变的和平解决成了时局转换的枢纽：在新形势下的国内的合作形成了，全国的抗日战争发动了。”为了促成抗日民族统一战线，周恩来一到杭州，二上庐山，同蒋介石直接谈判。以国共两党合作为基础的抗日民族统一战线正式成立后，周恩来代表中国共产党在国民党地区做统一战线工作，努力团结各方面主张抗日救国的力量，并领导过中共中央长江局、南方局的工作。他坚持国共合作，反对投降、分裂、倒退，团结民主党派、进步知识分子、爱国人士和国际友好人士，为制止反共逆流，克服对日投降的危险，做了大量的工作。周恩来认为，在抗战时期，中国共产党对蒋介石国民党的总方针是又联合又斗争。由于蒋介石在各段时间里对抗日、对中共的态度、政策是有变化的，形势是发展的，所以中国共产党的政策应当随之而相应地有所侧重而不要定型化。他说：“抗战前一段时间里，我们的政策重心在争取他抗战，故强调其可变性与革命性，而只注意其动摇性与被动性就够了。抗战初期，我们的政策重心在争取他长期抗战，全面抗战，故强调持久战，强调团结、进步，反对投降、分裂、倒退，于是就要深刻地认识他的妥协性与两面性。”到了1943年，“他的抗战作用日益减少，反动方面日益扩大，并且著书立说，出了《中国之命运》一书。这样下去，必致抗战失败，内战重起。故我们就要公开地揭穿其法西斯实质了。”
蒋介石在抗成初期有过假手日军消灭开往前线的八路军的打算，但未能实现。1938年，他主要想从组织上溶化共产党，想把共产党并入国民党成为其中的一个派，但也没有得逞。在1938年以前，总的说蒋介石抗战还比较努力，周恩来往往耐心地就国共合作问题解释中共方面的态度，注重于推动蒋走向进步。1939年以后，蒋介石的重心转向了反共。从这时起直到抗战胜利，他的反共倾向总的说是逐渐增加的。从1939年1月国民党五届五中全会开始到1942年以前，他采取了军事上削弱以至消灭共产党的策略。1940年策划把八路军、新四军赶到黄河以北。这期间，周恩来对蒋介石仍在抗战这一点，还是鼓励的，但同时批评蒋介石国民党“溶共”、“剿共”等行为是在破坏抗战。1941年国民党采取军事“剿共”行动，发动皖南事变，周恩来进行了坚决的斗争，他的著名题诗“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急？！”已经成为这一事件的重要历史见证。但是在这一年的反共转入低潮后，周恩来立即努力争取改善国共两党关系，后来就恢复了对话。1942年和1943年，蒋介石看到从军事上采取反共高潮不能达到目的，反而引起国际国内一片反对，因而改用政治解决的策略。他两次提出要对共产党采取政治解决办法，甚至提出想同毛泽东直接会晤。周恩来分析了这一情况，在给毛泽东的电报中指出：蒋介石对共产党是在组织溶化和军事削弱或消灭不曾得手之后，才改取政治解决办法的，他的所谓政治解决，“是要我们屈服”，“是我们听命于他的领导，即服从调遣，统一编制，奉行法令等”，“决非民主的合作和乎等的协商”。“它对我党我军的观念仍是如非合并即大部消灭”。后来，周恩来又指出：国内外各种复杂条件的相互影响，迫使国民党决定用政治解决的办法来代替军事解决，就是说用控制共产党来代替削弱、消灭共产党，“这种代替并非完全取消”，我们要采取相应的对策。
为了维护团结抗战的大局，周恩来不放过任何一个有可能改善国共关系的契机，对于蒋介石任何一种类似化干戈为玉帛的和好表示，都采取积极的反应。但是，蒋介石并没有放弃反共的方针．周恩来认为需要“我们保持十分的警惕”。他机动谨慎地处理各种问题，取得很大成效。
在这场复杂、艰巨的斗争中，周恩来重视一切积极的力量，努力团结一切可以团结的人。这时，他已提出“求同存异”的主张。他说：“干革命，人越多越好，为了团结更多的人，思想上可以‘求同存异’”。民主党派、无党派人士、知识分子、民族资本家、国民党地方势力以及国民党内有矛盾的各派力量，都是他争取的对象。在重庆期间，他是沈钧儒、张申府、章伯钩等家中的常客，常同他们以及邹韬奋、黄炎培、张君励、左舜生等阐述国内外形势和共产党的主张。在政治局势恶化时，他每晚到重庆民生路《新华日报》门市部二楼会见知识界朋友。他经常接触各界人士，宣传中共主张，推动民主运动的发展，给了党外各界人士十分深刻的印象。当时在香港的蔡元培就说过：“周恩来了不起，真了不起。”中共的一位朋友曾说：“很久以来，我一想到中国共产党，脑子里就出现周恩来的形象。”1941年3月19日，在周恩来的支持下，中国民主政团同盟在重庆诞生了，它包括了青年党、国社党（后改称民社党）、中华民族解放行动委员会（亦称第三党，后改名中国农工民主党）、救国会、中华职业教育社、乡村建设派和无党派代表人物等。10月10日，这个组织公开一宣布成立，延安《解放日报》就发表社论予以支持，称之为“中国民主运动的生力军”。1944年9月，它改组成为中国民主同盟。1945年1月，周恩来由延安到重庆，向国民党和民主同盟提议召开党派会议，作为国是会议的预备会议，以便正式商讨国是会议和联合政府的组织及其实现步骤。民主同盟立即发表声明，表示响应。之后，黄炎培、杨卫玉、胡厥文、章乃器等筹组的中国民主建国会和马叙伦、王绍鉴等筹组的中国民主促进会于1945年12月成立。许德珩、诸辅成等筹组的九三学社于1946年5月成立。他们都受到周恩来的支持和影响，基本上与中国共产党政见略同，行动一致。所以，这十年中，已经形成了中华人民共和国成立后在中国共产党领导下的多党合作这一政治体制的雏形。
另一方面，周恩来把“与各地方军队联系”列为统一战线的原则之一。对地方实力派和国民党内嫡系如张治中等也作了大量工作，团结他们坚决抗战。这也为后来解放战争时期争取他们起义或合作打下了基础。
在这段时间内，周恩来同许多国家驻华使馆的官员和一些援华组织成员广泛地建立联系，同他们交朋友。他同美国驻华使馆的官员谢伟思、戴维斯、文森特等常有往来，会见过美国总统罗斯福的代表居里、威尔基、拉铁摩尔，同苏联驻华大使潘友新、武官崔可夫经常交换对时局的看法，同国际友好人士斯特朗、史沫特莱、王安娜、艾黎、爱泼斯坦等过从甚多；同美国著名作家海明咸、学者费正清和加拿大朋友文幼章等也有交往；并且接待了许多外国记者。通过这许多活动，大大扩大了中国共产党在国际上的影响，为中共同国外的接触打开了局面，中国共产党走向了世界。周恩来给了他们深刻的、良好的印象。费正清写道：“周恩来的魅力在初次见面时就打动了我。”“他的智慧和敏锐的感觉是罕见的，然而他却致力于集体主义的事业。”谢伟思说：“周是非常熟练的、敏感的、感觉力强的、明智的人。”“认识周的人都承认他是一个很坚强的人，正直的人，诚实的人，有原则性的人。”很多外国人士正是通过周息来而认识了中国共产党的正确、正直和代表着中国的光明前途。
1943年7月16日，周恩来回到延安。接着就参加了中共中央高级领导干部的整风学习。在整风会上，他对参加革命20多年来的斗争实践和思想认识，进行认真严肃的检查，总结正反两方面的经验教训。他回顾自己的本质是忠厚的、诚实的。长期革命斗争的锻炼，更坚定了对革命的信心和决心，并检查了自己的不足之处。会上，他受到了不公正的、过火的批评和指责。他曾对自己作了过分的检讨。1945年4月至6月，他参加了中国共产党第七次全国代表大会，在会上作了《论统一战线》的发言。发言中说到自己在党的三个历史时期“特别是后两个时期中，犯了不少的错误”，“这些错误已经改正了”。在中共七届一中全会上，他被选为中央政治局委员、书记处书记。
国共合作共同抗日，取得了胜利。双方的力量，在战争中都得到了发展。
“七七”事变时，国民党方面共有陆军现役兵170多万人，海军有73艘舰艇共6万吨，各种飞机300多架。到抗战结束，已有正规军200万人，非正规军100多万人，后方军事机关和部队100多万人，共有军事力量400多万人，拥有广大的地域，接收了日本侵华部队100万人的全部装备，得到美国政府在军事上和财政上的巨大援助。中国共产党的部队，抗战中在敌后战场，同日伪军作战12．5万余次，歼灭日军52．7万余人，歼灭伪军118．6万余人，缴获各种枪69万余枝（挺）、各种炮1800余门，解放国土100余万平方公里、人口1．2亿余，解放区分布于19个省区。在残酷的械争中，军队得到锻炼和发展，到抗战结束时发展到120余万人。
据美国白皮书所说，当时国民党与共产党比较，“在作战部队及枪械上，拥有五对一的优势。实际上是垄断了所有的重武器、运输工具和无可抗拒的空军”。而且，“在对日战争胜利之前，美国政府已经开始实行一个装备适应中国政府需要的空军计划，和三十九师的陆军的计划。”国民党好战派凭借其优势兵力和装备，坚持内战的方针，后来使自己在政治上丧尽人心，在军事上一败涂地。
日本帝国主义被打败了，全国人民希望和平。1945年8月25日，中共中央发表对“目前时局”的宣言，认为“在全中国与全世界，一个新的时期，和平建设的时期，已经来临了！”决定今后“必须坚持和平、民主、团结”。中国共产党力图避免内战，试图经过和平的道路来建设一个新中国。
8月28日，毛泽东、周恩来、王若飞飞抵重庆，同国民党蒋介石进行和平谈判。谈判是艰难曲折的，但总算形成了一个《政府与中共代表会谈纪要》。10月10日下午，中共代表周恩来、王若飞和国民党代表王世杰、张治中、邵力子在重庆曾家岩校园举行签字仪式。12日，这个《纪要》由国共双方加以公布。这是一个只有历史意义的文献。国民党表面上不得不同意中国共产党提出的和平建国的基本方针，不得不承认要以和平、民主、团结、统一为基础，长期合作，避免内战。
然而，签字的墨迹未干，蒋介石就向国民党军内颁发了
“剿匪”密令，令其将领遵照他所订的《剿匪手本》，“督励所属，努力进剿，迅速完成任务”。后来，又经多方努力，1946年1月10日，国共双方同时公布了停战命令。政治协商会议也在这一天开幕。周愿来在政协会议开幕会上吁吁：“应痛下决心，不仅在今天下令停战，而且要永远使中国不会发生内战。我们中共代表团是带着这种信念和决心来参加会议的。”政协会议开到1月31日闭幕，通过了政治协商会议决议案。周恩来在闭幕会上说：虽然这些协议和中共历来的主张还有一些距离，但这些协议是好的，是各方面互让互谅的结果。中国共产党保证为这些协议的全部实现而奋斗。
但是，3月1日开始的国民党六届二中全会，却推翻了政协协议。中国共产党仍然是力争和平。因此，在此后的几个月内，周恩来又进行了维护政协决议的努力和斗争。到6月11日，周恩来和董必武、陆定一、邓颖超还致函马叙伦等，说“敝党决愿本一向和平民主团结统一之职志，进行谈判，并盼能从此长期停战，永息戎争”。19日，他还会见司徒雪替（7月就任美国驻华大使）并请司徒雷登转告马歇尔：中共愿意和平，愿意解决问题。
当时，美国总统杜鲁门派马歇尔为特使，前来中国调处国共双方的关系。马歇尔说，杜鲁门的指示是：“万一我无法从委员长那里获得我认为是合理的和可取的行动时，对美国政府来说，仍有必要通过我继续支持中华民国国民政府”；“我们的政策就是支持蒋介石。”这是美方的基本立场。
6月26日．国民党军队大举进攻中原解放区，全面内战爆发。这时，和平已经无望，但谈判仍未停止。7月9日，周恩来致电中共中央说，目前边打边谈、以打为主的局面还会继续一个时期。在这段时期，周恩来往返于南京、上海之间，一方面安排此后中共在国民党统治区南方的秘密工作，布置人员的坚持、疏散和隐蔽；另一方面，谈判仍继续进行着。周恩来心中已经明确，今后将是大打的时期了。主要要靠打得好，消灭蒋介石的力量来解决问题，但是还有相当一部分民主党派和无党派人士仍对和平抱有幻想，因而这一阶段工作的“中心的环节是争取第三方面，揭穿蒋的和平攻势，虽不能争取到全部不参加‘国大’．如能争取民盟大部不参加，就是胜利。”
9月间，蒋介石手令北平行辕及第十一、第十二战区部署对晋察冀解放区的大城市张家口进攻。10月9日，周恩来向马歇尔指出：蒋介石攻张家口就是宣布决心放弃谈判走向全面破裂。11日，国民党军占领张家口，国民党政府片面宣布11月12日召开“国民大会”。11月11日，周恩来向马歇尔、孙科指出，“国大”一开便是表明政治的分裂。15日，国民党包办的“国大”开幕。16日．周恩来举行中外记者招待会发表严正声明，指出国民党“最后破坏了政协以来的一切决议及停战协定与整军方案，隔断了政协以来和平商谈的道路。”民主党派和无党派民主人士，绝大部分没有参加这个所谓“国大”。
11月19日，周思来率中共代表团飞返延安，结束了十年谈判生涯。
21日，毛泽东、刘少奇、周恩来三人开会。会议肯定了周恩来在外边谈判的成就，认为和平虽不可能实现，但是为了教育人民，谈判是必须的。谈判整个说来是成功的，证明了同国民党蒋介石妥协的不可能，达到了教育人民的目的。党的统一战线是宽广的，敌人是孤立的。今盾要看前线，要赢得战争的胜利。
这次会议确定了“打”的方针，要孤立蒋介石，进而做到打倒蒋介石。