日军占领关岛后，美军在太平洋地区的防线洞门大开，整个太平洋已处于日军攻击范围之内，美国与澳大利亚的海上交通线随时都有可能遭到日本海军的攻击。9月8日，美国总统圣·约翰召集国家安全事务助理福勒、国防部长博汀以及太平洋总部司令罗杰·希奇库克海军上将等人研究美军下一步行动计划。当时，澳大利亚建议盟军以澳大利亚为基地，首先与日本海军联合舰队在东南亚海域决战，然后经新加坡和马来西亚，攻占文莱，切断日本的能源基地。希奇库克上将则建议美军应集中力量，首先收复关岛，从而切断日军从本岛至东南亚的联系，在日本"新帝国"的心脏打入一个楔子。他认为先取文莱的战略很难成功，因为“在东南亚地区作战，日军可以集中尽可能多的海、空兵力与盟军决战，而美军则需劳师远征，而且还要时刻防止日军在太平洋方向从背后攻击美军。如果首先收复关岛，由于关岛是个孤岛，日军除了海军舰队外，很难集结起足够的空军力量，若日本海军向关岛方向过于集中，就要冒日本本岛遭美国海军攻击的威胁，而美国海军则可以在广阔的太平洋上实施机动作战。"希奇库克边说边以手指敲打桌面，坚定地说：“先取关岛，再取文莱。”
圣·约翰总统最后采纳了希奇库克的建议，命令以最快的速度收复关岛，狠狠打击日军。为了确保关岛战役的胜利，希奇库克立即下令海军潜艇部队袭击通往关岛的日军海上交通线，孤立日本守军；同时，下令空军利用一切手段摧毁日本的侦察卫星，迷盲日军、保障美军行动不被日军及时发现。
第二天黎明前夕，3艘美国核潜艇驶抵关岛以西的菲律宾海，奉命袭击日本海军舰船，封锁关岛。这3艘洛杉矾级核动力攻击潜艇刚刚进入活动阵位，就接到了来自太平洋舰队司令部的命令：“日一运输船队正驶向关岛，全力歼灭。"在潜艇声纳室里，年轻的声纳兵正戴着耳机、两眼全神贯注地盯着声纳显示屏。在水中，声音的平均传递速度为每秒大约1450米，是空气中音速的4倍，但是随着温度、水压的不同和障碍物的影响，会有很大的差异。在水下，通过声纳探测器发现和跟踪在水面运动的敌舰，确实是一项需要高超技艺的工作。声纳兵们耐心地搜索着附近海区舰船活动发出的细微声音。"亚特兰大"号潜艇上的声纳兵帕特里克·居姆斯上等兵，首先发现了微弱的螺旋桨声。他立即测出了螺旋桨的转速，速度比较慢，可能是一艘运输船。随后又出现了其他几艘舰船的声音，螺旋桨转速有高有低。凭经验，居姆斯认定是一支有作战舰只护航的运输船队，而且肯定是他们正在搜寻的目标——日本海上运输船编队。居姆斯立即敲打键盘，将信息传至艇长马克·肖特中校。不一会，"全体准备战斗"的命令传遍全艇。正在休息的士兵们从床上跳起，迅速进入战位。依据居姆斯提供的信息，火控部门马上计算出潜艇攻击的最佳阵位和发射鱼雷的最佳距离及射速。12分钟后，一切准备就绪，随着肖特艇长一声令下，6枚Mk48重型鱼雷同时从鱼雷发射管中射出，切开冰冷、漆黑的海水，快速射向敌运输船队。詹姆斯上等兵仍在仔细地监听着，射向敌人的鱼雷在他耳中不断变化：一开始，鱼雷以较慢的速度运动，导引头搜索目标；数分钟后，导引头锁定目标，鱼雷突然加速，实施攻击。突然，居姆斯听到鱼雷高速运动时发出的如电钻钻洞般的声音，紧接着一连串鱼雷撞击日船尖锐的碰撞声，在钢板的撕裂声中，传来了6声巨大的爆炸声，6枚鱼雷全部中中目标。肖特艇长通过潜望镜，看到4艘日本运输船在晨曦中燃烧，同时也看到有2艘日本驱逐舰正冲着"亚特兰大"号驶来。肖特艇长抓紧时问，再次射出6枚鱼雷，几分钟后又击中了2艘运输船。但这一次攻击，暴露了"亚特兰大"号的位置，2艘日本驱逐舰全速驶来。肖特艇长指挥潜艇紧急下潜，躲避攻击。此时，"安纳波利斯"号和"科帕斯克里斯蒂"号潜艇正好占据有利阵位，两艇分别瞄准一艘日舰，各射出4枚Mk48重型鱼雷，30秒后全部命中目标。在随后的30分钟里，3艘美国潜艇扫荡了余下的日本舰船。当战斗结束时，整个日本运输船队已全部葬身海底。
美海军潜艇部队除了在关岛附近海域积极打击日本海军外，还在菲律宾沿海实施特种作战。就在"亚特兰大"号等3艘核动力攻击潜艇袭击日本运输船队的时候，装载有"海豹"突击队员的美海军特种作战潜艇"卡瓦拉"号也借着夜色，悄悄地驶抵菲律宾吕宋岛近海。"卡瓦拉"号是由弹道导弹核潜艇改装的特种作战潜艇，该艇原有的24个庞大的潜射弹道导弹发射管撤除了"三叉戟"导弹，改装为可载运潜水蛙人输送艇、特种作战人员和特种作战装备的运载箱，总共可载300多名特种作战人员及其装备。当驶抵距吕宋岛海岸线1.6千米，离海面约10米时，"卡瓦拉"号放出10多艘潜水蛙人输送艇。这些潜水蛙人输送艇，每艘运载24名"海豹"突击队员及其特种作战武器装备，在水下悄无声息地驶向海岸。在距离海岸6米时，蛙人输送艇露出水面，"海豹"突击队员们迅速上岸，钻进靠近沙滩的一片密林之中。冲在最前面的是美海军第一特种作战大队的大队长汤姆·布朗上校，这是一名加入"海豹"突击队已达12年之久的特种兵，本领高强。他从潜水服中钻出来，从一个很大的防水包中取出武器装备，然后与同伴一起消失在菲律宾的原始森林中。"海豹"突击队的首要任务是与活跃在山区抵抗日军的菲律宾游击队取得联系，然后与游击队一起袭扰日本占领军，搜集重要情报，破坏日军交通线和通信设施，最后接应盟军登陆菲律宾。如果进展顺利，盟军将在圣诞节前夕登陆吕宋岛。